Snake Eyes: G.I. Joe Origins หลังจากช่วยชีวิตทายาทที่สำคัญของตระกูลที่มีอำนาจในญี่ปุ่น สเนคอายส์ ผู้ที่เคยเป็นคนโดดเดี่ยวและมุ่งมั่นไม่ยอมแพ้ ได้รับการเชิญให้เข้าร่วมตระกูลอาราชิกาเงะ ตระกูลโบราณที่มีชื่อเสียงในด้านนินจา เขาได้ฝึกฝนวิชาของนักรบผู้ลึกลับในระดับสูงสุด แต่ความลับจากอดีตของเขาที่ถูกเปิดเผยได้นำมาซึ่งบททดสอบครั้งสำคัญที่เขาต้องเผชิญ ทั้งเกียรติยศและความภักดีของเขากำลังถูกทดสอบว่าจะยืนหยัดต่อความจริงหรือไม่ แม้ว่าอาจจะต้องเสียคนที่เขาเคยไว้ใจที่สุดไป