Evangelion:3.0+1.01 THRICE UPON a TIME มิซาโตะและกลุ่มต่อต้าน NERV ที่ชื่อ WILLE เดินทางมาถึงปารีส เมืองที่ปัจจุบันถูกเปลี่ยนเป็นสีแดงจากการถูกครอบงำด้วยแกนพลังงาน เรือธง Wunder นำทีมลงจอดที่หอคอยคุ้มกันในความพยายามที่จะฟื้นฟูสภาพแวดล้อมของเมืองกลับมาให้เป็นเหมือนเดิมอีกครั้ง