Batman vs Teenage Mutant Ninja Turtles แบทแมน, แบตเกิร์ล และโรบิน ได้ตัดสินใจเข้าร่วมมือกับเต่านินจาวัยรุ่นในการต่อสู้กับศัตรูตัวฉกาจของเต่าอย่างเชร็ดเดอร์ ผู้ที่ได้จับมือกับราส์ อัล กูล และกลุ่มนักฆ่าแห่งความมืด เมื่ออาชญากรในก็อตแธมถูกโจมตีโดยเต่าขนาดยักษ์ที่ลึกลับ แบทแมนและพรรคพวกของเขา แบตเกิร์ลและโรบิน ได้พยายามค้นหาสิ่งมีชีวิตเหล่านั้นและหยุดยั้งพวกมัน พวกเขาได้พบว่าในก็อตแธมมีแขกมาเยือนใหม่ ในขณะเดียวกัน เชร็ดเดอร์ ราส์ อัล กูล และกลุ่มนักฆ่าแห่งความมืดได้ปล่อยตัวอาชญากรที่อันตรายที่สุดของก็อตแธมจากเรือนจำ ได้แก่ นายฟรีซ เบน สแกร์โครว์ ทูเฟซ พอยซันไอวี และโจ๊กเกอร์ แบทแมนและเต่านินจาวัยรุ่นจะสามารถปรับความต่างของพวกเขาได้ก่อนที่จะสายเกินไปหรือไม่? เรื่องราวหนึ่งใน…